Да, ЭТрН можно аннулировать, но только до завершения перевозки и при согласии участников документа.
Аннулирование оформляется в электронном виде через систему ЭДО с указанием причины. После завершения перевозки ЭТрН не аннулируется, а при ошибках оформляются корректирующие документы.